Šķirotavas apkaimei dēļ tās izteikti rūpnieciskā rakstura ir vāji attīstīts vietējo ielu tīkls, taču apkaimei kopumā ir labas transporta saiknes ar citām Rīgas apkaimēm un arī teritorijām ārpus Rīgas (DA virzienā). To nodrošina vairākas caur apkaimi ejošās pilsētas maģistrāles - Krustpils, Slāvu un Lubānas ielas, kuras visas pieslēdzas apkaimes ZR novietotajam Slāvu rotācijas aplim, kas ir ļoti svarīgs transporta mezgls Rīgā. Jāatzīmē, ka pilsētas maģistrālei atbilstoša satiksmes plūsma pašreiz norisinās arī pa Granīta, Rencēnu un Katlakalna ielām, taču pēc profila un plānotās lomas nākotnē tās vērtējamas kā pilsētas nozīmes ielas.

Cauri apkaimei un gar tās DR malu iet dzelzceļa līnijas ar daudziem to atzarojumiem, kas vērtējami gan kā fiziski šķēršļi apkaimes viengabalainības nodrošināšanai, gan arī kā potenciāls rūpniecisko teritoriju turpmākai attīstībai apkaimē.

Šķirotavas apkaimes sasniedzamību ar sabiedrisko transportu ir ļoti laba no skaitlisko rādītāju viedokļa, taču, ņemot vērā apkaimes lielo platību, pastāv būtiskas atšķirības atsevišķu apkaimes daļu nodrošinājumā ar sabiedrisko transportu. Uz vai caur Šķirotavas apkaimi kursē 23 pilsētas sabiedriskā transporta maršruti. No tiem 10 autobusu, 2 trolejbusu, 10 maršruta taksometru un arī Ogres virziena vilcienu maršruts. Kopumā ikdienā tādējādi uz Šķirotavu vienā virzienā kursē 1643 sabiedriskā transporta reisi.